Zərifə Əziz qızı Əliyeva 28 aprel 1923-cü ildə Naxçıvan Muxtar Respublikasının Şərur rayonunun Şahtaxtı kəndində, dövlət xadimi Əziz Əliyevin ailəsində anadan olub.
O, Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunun müalicə-profilaktika fakültəsində, daha sonra Moskvada Mərkəzi Həkimləri Təkmilləşdirmə İnstitutunda oftalmologiya üzrə ixtisaslaşdırma kursunda təhsil alıb. 1950-1953-ci illərdə Zərifə xanım orada aspiranturada oxuyub.
Zərifə Əliyeva göz xəstəliklərinin öyrənilməsi, profilaktikası və müalicəsinə dair bir çox tədqiqatlar aparıb. Azərbaycanda traxoma xəstəliyinin sosial xəstəlik kimi ləğvi məhz Zərifə xanımın adı ilə bağlıdır. Elmi nailiyyətlərinə görə o, 1980-ci ildə Azərbaycanın Əməkdar elm xadimi fəxri adını alıb. Əliyeva SSRİ Tibb Elmləri Akademiyasının M.İ. Averbax adına mükafatına layiq görülən ilk qadın olub.
Zərifə xanım Əliyeva 15 aprel 1985-ci ildə 62 yaşında Moskvada vəfat edib. O, əvvəlcə Novodeviçye qəbiristanlığında, daha sonra Birinci Fəxri xiyabanda dəfn olunub.