12 mart 1992-ci ildə Daxili Qoşunların Biləcəri, Sumqayıt, Gəncə hərbi hissələri ermənilərə qarşı döyüşlərə başlayıb, Ağdam rayonunun Papravənd və Qalayçılar kəndlərində vuruşublar. 1995-ci ildən etibarən Daxili Qoşunların Azərbaycanın ərazi bütövlüyü uğrunda erməni işğalçılarına qarşı döyüşə başladıqları həmin gün Daxili Qoşunlar Günü elan olunub.
Döyüş əməliyyatları aparılan müddətdə qoşunların 700-ə yaxın şəxsi heyəti həlak olmuş, 1200-ə yaxın nəfəri yaralanmışdır. Birinci Qarabağ müharibəsində Daxili Qoşunların 9 hərbçisi Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı fəxri adına layiq görülmüşdür.
Vətən müharibəsi zamanı Daxili Qoşunlarımız Murov zirvəsinin, həmçinin Cəbrayılın, Hadrut qəsəbəsinin, Füzulinin və Şuşanın azad edilməsi uğrunda gedən döyüşlərdə vuruşmuşdur. İkinci Qarabağ müharibəsi zamanı Daxili Qoşunlarımızın şəxsi heyətindən 66 nəfər şəhid olmuş, 346 nəfər yaralanmış, 1-i ölümündən sonra olmaqla 4 nəfər Vətən Müharibəsi Qəhrəmanı adına layiq görülmüşdür.
1991-ci ilin dekabrında keçmiş SSRİ Daxili İşlər Nazirliyi Daxili Qoşunlarının Bakı şəhərində yerləşən 5-ci diviziyası buraxılmışdır. Heyəti 2500 nəfərdən ibarət olan üç hərbi hissə Azərbaycan Respublikası Daxili İşlər Nazirliyinin tabeliyinə verilmişdir. Həmin vaxtdan Azərbaycan Daxili Qoşunları Biləcəri qəsəbəsində yerləşən hərbi hissənin əsasında yaradılmışdır.
