Azərbaycan müstəqilliyini bərpa edəndən sonra 25 dekabr 1991-ci ildə Milli Qvardiya yaradılır və onun əsasnaməsi, strukturu və vəzifə maaşları təsdiq edilir.
Milli Qvardiyada ilk vaxtlar hərbi xidmət könüllü şəkildə, iki illik kontrakt əsasında idi. Şəxsi heyətin seçimi MTN, DİN və MN-in kadr orqanlarının köməkliyi ilə həyata keçirilirdi.
31 iyul 1992-ci il tarixli Fərmanın tələblərinə əsasən, Milli Qvardiyanın ştat vahidi artırılmışdır və bununla əlaqədar Milli Qvardiyada Alay yaradılmışdır.
1993-cü ildə Milli Qvardiyanın bazasında Azərbaycan Respublikası Ali Dövlət Hakimiyyət və İdarəetmə Orqanlarını Baş Mühafizə İdarəsinin yaradılması və Azərbaycan Respublikasının Prezidentinə tabe edilməsi haqqında fərman imzalanmışdır.
2002-ci ildə Prezidentin sərəncamı ilə Baş Mühafizə İdarəsi Azərbaycan Respublikası Xüsusi Dövlət Mühafizə Xidməti adlandırılmışdır.
16 mart 2020-ci ildə prezident xüsusi dövlət mühafizəsi sahəsində idarəetmənin təkmilləşdirilməsi haqqında fərman imzalamışdır. Fərmana əsasən, Azərbaycan Respublikasının Xüsusi Dövlət Mühafizə Xidməti ləğv edilib və onun əsasında Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Təhlükəsizlik Xidməti, Xüsusi Rabitə və İnformasiya Təhlükəsizliyi Dövlət Xidməti və Strateji Obyektlərin Mühafizəsi Dövlət Agentliyi yaradılmışdır.
