Xudadat bəy Rəfibəyli 12 yanvar 1878-ci ildə Gəncədə anadan olub.
O, Gəncə klassik gimnaziyasında, daha sonra isə Ukraynanın Xarkov İmperator Universitetinin (indiki Xarkov Milli tibb universiteti) tibb fakültəsində təhsil alıb. Daha sonra, 1907-ci ildə Rəfibəyli Gəncəyə qayıdıb. O, Azərbaycanın ilk ali təhsilli cərrah həkimlərindən biri hesab edilir. Xudadat bəy 15 noyabr 1907-ci ildə Gəncə şəhər xəstəxanasında direktor vəzifəsinə təyin olunub.
Həkim ictimai sahələrdə də fəaliyyət göstərib. Onun iştirakı ilə Gəncədə Nizaminin məqbərəsini bərpa etmək üçün ayrıca bir cəmiyyət yaradılıb. 1914-cü ildə onun təşəbbüsü ilə Gəncədə Yelizavetpol Tibb Cəmiyyəti adlı ilk qurum yaradılıb. Bu cəmiyyət Birinci Dünya Müharibəsində türklərə köməklik göstərib, həkimlərdən ibarət könüllü dəstələrin döyüş bölgələrinə gedib, yaralılara tibbi yardım göstərilməsini təşkil edib.
Xudadat bəy Rəfibəyli Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin qurucularından biri idi. 28 May 1918-ci ildə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti yarananda o, ilk Səhiyyə və Himayədarlıq Naziri vəzifəsinə təyin olunub. 18 sentyabr Cümhuriyyət hökuməti Bakıya köçüb və Xudadat bəy burada Xalq Səhiyyəsi Naziri vəzifəsində çalışıb. O, 6 may 1919-cu ildə Gəncə quberniyasının qubernatoru vəzifəsinə təyin edilib.
27 aprel 1920-ci ildə Azərbaycan ərazisi Rusiya bolşevikləri tərəfindən işğal edilib və 28 aprel burada sovet hakimiyyəti qurulub. Xudadat bəy Gəncənin qubernatoru vəzifəsindən azad edilib.
12 may 1920-ci ildə Xudadat bəy Rəfibəyli bolşeviklər tərəfindən həbs olunub. 1 iyun 1920-ci ildə isə o, Nargin (Böyük Zirə) adasında güllələnib. Azərbaycan SSR Prokurorluğu 2 iyul 1990-cı ildə Xudadat bəy Rəfıbəyli barəsində açılmış cinayət işinə xitam verib.
